DataMonkey

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DataMonkey 是一个专注于分子进化分析的在线生物信息学平台,由整合系统发育学团队开发维护,自2005年上线以来持续为全球进化生物学、病毒学和比较基因组学研究者提供免费、便捷的选择压力(dN/dS)计算服务。该平台基于 HyPhy 软件包构建,通过浏览器即可完成从序列比对到正向选择位点预测的全流程分析,无需安装任何本地程序。

核心功能

  • 选择压力分析: 提供 SLAC、FEL、MEME、FUBAR 等多种统计模型,支持基于密码子比对的同义与非同义替换比率计算,自动识别受正选择或纯化选择的位点。
  • 在线密码子比对: 输入 DNA 编码序列后,系统自动执行密码子级别比对(Align Codons),确保间隙不影响后续进化压力分析,并生成 PAML、BEAST 等软件兼容的输入文件。
  • 结果交互可视化: 分析完成后以图表形式展示每个位点的 dN/dS 值、p 值及氨基酸熵值,用户可在线调整参数并实时更新结果。
  • 多序列类型支持: 同时适用于 DNA 编码序列(如病毒蛋白基因)和 RNA 序列,提供三种计算途径以匹配不同数据特征。
  • 结果导出与共享: 支持将分析结果导出为 CSV 或 PDF 格式,并生成永久链接供协作或论文引用。

适用人群

DataMonkey 面向从事分子进化研究的科研人员、生物信息学分析者以及病毒学、免疫学领域的临床工作者。典型场景包括:分析流感病毒、呼吸道合胞病毒等病原体的正向选择位点以预测抗原漂移;比较不同基因型分离株的进化速率(如参考资料中 G1 和 G3 型轮状病毒 VP7 基因分析);检验非编码序列的选择压力模式;以及用于教学实践中演示选择压力计算的原理。

作为 HyPhy 网页版工具,DataMonkey 在《病毒学报》《江苏预防医学》等期刊的正向选择位点预测研究中被广泛引用。平台完全免费开放,无需注册即可使用,比同类软件 PAML 更易上手,无需学习命令行操作,且一次运行即可输出所有位点的检验结果。对于需要快速验证假设或处理中等规模数据(单次分析序列数可达数百条)的用户,DataMonkey 是目前最便捷的在线进化压力分析选择之一。

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